延續前一集的劇情，獅子亞歷克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑馬馬蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、長(cháng)頸鹿邁爾曼（大衛·休默 David Schwimmer 配音）、河馬格洛里亞（賈達·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鵝們，為了能離開(kāi)馬達加斯加島回到五光十色的紐約，對一架破舊的失事飛機進(jìn)行維修改造，并成功起飛。當大家已經(jīng)開(kāi)始慶祝終于可以回到紐約時(shí)，飛機卻意外降落，迫降到了非洲大草原上。在這兒，獅子亞歷克斯終于見(jiàn)到了它的父母。但是由于生活習性上太多不一樣，而且言行舉止各異，使得這群紐約來(lái)的動(dòng)物們顯得格格不入。這群昔日紐約中央公園的動(dòng)物明星們，在這野外艱難的環(huán)境中應該怎么辦？雖然在這兒遇見(jiàn)了自己的同類(lèi)，但因為習性不同，使得自己無(wú)法完全融入他們的群體。為了能融入環(huán)境，與同類(lèi)們建立良好的關(guān)系，大家都是施展各種招式，笑料百出。